Open Source hat eine lange Tradition in und außerhalb der Wissenschaft in der Softwareentwicklung. Hierbei ist der Quellcode von Software frei verfügbar und darf unter einer geeigneten Lizenz weiterverwendet werden. Der Vorteil liegt darin, dass der Algorithmus eines Programmes genau nachverfolgt werden kann und Fehler ausgebessert werden können. Deshalb spielt in der Wissenschaft Open Source eine große Rolle, besonders bei Software für die Datenanalyse.
Open Source kann auch dazu verwendet werden die Prozessierung von Daten genau zu dokumentieren, indem der Workflow öffentlich beschrieben ist (z.b. in shell Skripten oder make Dateien). Dies ist auch ein wichtiger Teil der open methodology.
Für open source gibt es mehrere bekannte Lagerstätten (Repositories) z.b. GitHub, Bitbucket oder SourceForge.
Zusätzlich gibt es die Möglichkeit einem open source Projekt einen digital object identifier (DOI) zuzuweisen, um mit diesem das Projekt zitierbar zu machen. Dazu kann beispielsweise Zenodo verwendet werden.
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